La Estación Biológica Internacional tiene como principal misión la conservación y mejora de los espacios naturales transnacionales, muy especialmente de los ecosistemas acuáticos transfronterizos aplicando modelos innovadores para la investigación y estudio de la biodiversidad, junto a medidas de prevención, protección, conservación y recuperación de hábitats y especies. A ello se unen sus acciones de voluntariado en el medio natural y el desarrollo de un ecoturismo inseparablemente vinculado a la sostenibilidad.

Los principios que conforman nuestra filosofía, compromisos, misión y valores son los siguientes:

• La protección y conservación del patrimonio natural para las generaciones futuras, es prioritaria sobre cualquier otro interés, en consonancia con nuestros valores de honestidad, transparencia, moderación e independencia política.

• Nos comprometemos con la sociedad a la transferencia de la innovación y el conocimiento extraído de la investigación científica sobre los ecosistemas y de las actividades de ecoturismo y tecnologías ambientalmente sostenibles, mediante la información y difusión de los aspectos de interés público.

• Asumimos la educación medioambiental como parte importante de nuestra responsabilidad social, trasladando la necesaria sensibilidad y respeto hacia la biodiversidad, mejorando la conciencia individual y colectiva y divulgando las buenas prácticas medioambientales. En el marco de este compromiso, desarrollamos nuestras acciones de voluntariado y diversos programas gratuitos para colectivos desfavorecidos, incluyendo, también gratuitamente en nuestros cruceros ecoturísticos, la participación interactiva en los entrenamientos con nutrias, patos buceadores y otras especies del Animal Therapy Program de la EBI para niños con necesidades especiales, autismo y sindrome de Down. 

• El desarrollo económico de los territorios en los que estamos implantados es uno de los grandes retos y objetivos a alcanzar. A ello contribuimos con nuestra actividad empresarial innovadora, enfocada siempre hacia el crecimiento ordenado de nuestro entorno, decisiones alineadas a su prosperidad y, en definitiva, al bienestar social, como puntal imprescindible para la conservación de los espacios naturales.

• La independencia ideológica y económica, que protege nuestras convicciones y fundamentos éticos, constituye junto al interés público general, la innovación tecnológica y la difusión responsable del conocimiento, la base sobre la que se asienta nuestro trabajo.